De testtijd wordt aanzienlijk verkort van ongeveer een uur tot enkele minuten door de nieuw gerapporteerde RTF-EXPAR-methode die reverse transcriptase-vrije (RTF) benadering gebruikt voor de omzetting van RNA in DNA, gevolgd door EXPAR (exponentiële amplificatiereactie) voor amplificatie bij een enkele temperatuur .
Het beheersen van de mate van verspreiding van COVID-19 vereist een nauwkeurige en snellere strategie voor het testen van virussen. RT-PCR (reverse transcriptase polymerase chain reaction), de meest nauwkeurige testmethode die momenteel wordt gebruikt, is een test in twee stappen die ongeveer 60 minuten per monster duurt.
De onderzoekers van de Universiteit van Birmingham hebben een nieuwe methode gerapporteerd voor de detectie van SARS-CoV-2. Dit zou veel sneller kunnen testen en is voldoende gevoelig.
De virale RNA-detectie door RT-PCR (reverse transcriptase polymerase kettingreactie) omvat de omzetting van viraal RNA in complementair DNA (cDNA) gevolgd door amplificatie van cDNA door een kwantitatieve PCR (qPCR). Het cDNA wordt vervolgens gedetecteerd met behulp van een fluorescerende kleurstof. Dit duurt maximaal een uur.
De testtijd wordt aanzienlijk verkort van ongeveer een uur tot enkele minuten door de nieuw gerapporteerde RTF-EXPAR-methode die reverse transcriptase-vrije (RTF) benadering gebruikt voor de omzetting van RNA in DNA, gevolgd door EXPAR (exponentiële amplificatiereactie) voor amplificatie bij een enkele temperatuur . De versterking die plaatsvindt bij een enkele temperatuur is de sleutel tot snelheid, omdat het lange verwarmings- en afkoelstappen van RT-PCR vermijdt. Verder is het stuk DNA dat wordt geamplificeerd kleiner in vergelijking met RT-PCR. Daarom genereert EXPAR in enkele minuten tot 108 strengen DNA-product. De duplexvorming wordt gevolgd, zoals in de RT-PCR-methode met behulp van fluorescerende kleurstof, SYBR Green.
Interessant is dat de nieuwe methode kan worden aangepast om verschillende andere infectieziekten te detecteren die worden veroorzaakt door RNA-virussen, bijvoorbeeld Ebola, RSV, enz.
Bron (nen):
Carter et al (2020). Detectie van minder dan 5 minuten van SARS-CoV-2-RNA met behulp van een reverse transcriptase-vrije exponentiële amplificatiereactie, RTF-EXPAR. Voordruk. Gepubliceerd op medRxiv Geplaatst op 04 januari 2021. DOI: https://doi.org/10.1101/2020.12.31.20248236
***
