De testtijd wordt aanzienlijk verkort van ongeveer een uur tot enkele minuten door de nieuw gerapporteerde RTF-EXPAR-methode, die gebruik maakt van een reverse transcriptase-vrije (RTF) benadering voor de conversie van RNA om in DNA gevolgd door EXPAR (Exponential Amplification Reaction) voor amplificatie bij één temperatuur.
Het beheersen van de snelheid van Covid-19 verspreiding vereist een nauwkeurige en snellere virusteststrategie. RT-PCR (reverse transcriptase polymerase kettingreactie), is de meest nauwkeurige testmethode die momenteel wordt gebruikt een tweestapstest die ongeveer 60 minuten per monster duurt.
De onderzoekers van de Universiteit van Birmingham hebben een nieuwe methode gerapporteerd voor de detectie van SARS-CoV-2. Dit zou veel sneller kunnen testen en is voldoende gevoelig.
De virale RNA-detectie door RT-PCR (reverse transcriptase polymerase kettingreactie) omvat de omzetting van viraal RNA in complementair DNA (cDNA) gevolgd door amplificatie van cDNA door een kwantitatieve PCR (qPCR). Het cDNA wordt vervolgens gedetecteerd met behulp van een fluorescerende kleurstof. Dit duurt maximaal een uur.
De testtijd wordt aanzienlijk verkort van ongeveer een uur tot enkele minuten door de nieuw gerapporteerde RTF-EXPAR-methode, die gebruik maakt van een reverse transcriptase-vrije (RTF) benadering voor de omzetting van RNA in DNA gevolgd door EXPAR (Exponential Amplification Reaction) voor amplificatie bij één temperatuur. De amplificatie die plaatsvindt bij een enkele temperatuur is de sleutel tot snelheid, omdat hierdoor langdurige verwarmings- en afkoelstappen van RT-PCR worden vermeden. Verder is het gedeelte van het DNA dat wordt geamplificeerd kleiner vergeleken met RT-PCR. Daarom genereert EXPAR in enkele minuten tot 108 strengen DNA-product. De duplexvorming wordt gevolgd, zoals bij de RT-PCR-methode met behulp van fluorescerende kleurstof, SYBR Green.
Interessant is dat de nieuwe methode kan worden aangepast om verschillende andere infectieziekten te detecteren die worden veroorzaakt door RNA-virussen, bijvoorbeeld Ebola, RSV, enz.
Bron (nen):
Carter et al (2020). Detectie van minder dan 5 minuten van SARS-CoV-2-RNA met behulp van een reverse transcriptase-vrije exponentiële amplificatiereactie, RTF-EXPAR. Voordruk. Gepubliceerd op medRxiv Geplaatst op 04 januari 2021. DOI: https://doi.org/10.1101/2020.12.31.20248236
***
Reacties zijn gesloten.