The complete human genoom sequence of the two X chromosomes and autosomes from the female tissue derived cell line has been completed. This includes the 8% of the genoom sequence that was missing in the original draft that was released in 2001.
de integrale menselijk genoom sequence of the entire 3.055 billion base pairs has been revealed by the Telomere-to-Telomere (T2T) Consortium. This represents the largest improvement to the human reference genoom released in 2001 by Celera Genomics and the International Human Genoom Sequencing Consortium. That genoom sequence covered most of the euchromatic regions while either leaving out the heterochromatin regions or erroneous representation. These regions comprise 8% of the human genoom that has finally been revealed. The new T2T-CHM13 reference1 omvat de volledige sequentie voor alle 22 autosomen plus chromosoom X. Deze nieuwe referentiesequentie heeft ook talrijke fouten gecorrigeerd en heeft ongeveer 200 miljoen bp aan nieuwe sequenties toegevoegd die 2,226 genkopieën bevatten, waarvan 115 naar verwachting eiwitcoderend zijn.
The current GRCh38.p13 reference genome has been as a result of two major updates, one in 2013 and the other one on 2019 on the 2001 Celera genome sequence. However, it still had 151 million base pairs of unknown sequence distributed throughout the genoom, including pericentromeric and sub telomeric regions, duplications, gene and ribosomal DNA (rDNA) arrays, all of which are necessary for fundamental cellular processes. The new reference has been named as T2T-CHM13 as it comes from sequencing the DNA from CHM13 (Complete Hydatiform Mole) cell line and is performed by T2T consortium. The cell line is derived from abnormal fertilized egg or an overgrowth of tissue from the placenta in which women appears to be pregnant (false pregnancy), hence the sequence represents only of the two X chromosomes and autosomes of the female. Multiple sequence technologies have been put to use such as PacBio, Oxford Nanopore, 100X and 70X Illumina sequencers to name a few. The technological advances in sequencing have led to the sequencing of the remaining 8% as mentioned above.
De enige beperking van de T2T-CHM13-sequentie is het ontbreken van een Y-chromosoom. Deze sequentiebepaling is momenteel aan de gang, met behulp van het DNA van de HG002-cellijn, die een 46 (23 paar) heeft met een XY-karyotype. De sequentie zal vervolgens worden samengesteld met behulp van dezelfde methoden die zijn ontwikkeld voor het homozygote CHM13-genoom.
De beschikbaarheid van T2T-CHM13 als nieuwe referentie genoom vertegenwoordigt een belangrijke doorbraak die zal helpen bij het begrijpen van de rol van heterochromatineregio's en om de effecten ervan op de cellulaire processen in meer detail te begrijpen. Totdat de Y-chromosoomsequencing is voltooid, zal dit dienen als het referentiegenoom voor toekomstige studies om de cellulaire processen en functies te begrijpen.
***
Referenties
- Nurk S, Koren S, Rhie A, Rautiainen M, Bzikadze AV, Mikheenko A et al. De volledige sequentie van een menselijk genoom bioRxiv 2021.05.26.445798; DOI: https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
***
